Credit: FoldIt Team/University of Washington

بازیگران غیر حرفه‌ای یک بازی کامپیوتری نشان دادند که در حل مساله تعیین ساختار پروتیینها می‌توانند از ابرکامپیوترها پیشی بگیرند. در این بازی که فولدیت (FoldIt) نام دارد، بازیگر باید از شهود خود کمک بگیرد تا ساختار سه بعدی یک پروتیین را حدس بزند. با کمینه کردن انرژی تاخوردگی پروتیین، بازیگر میتواند امتیاز بیشتری کسب کند.

برای تعیین ساختار پروتیین‌ها معمولا دانشمندان از روشهای بلورشناسی به کمک اشعه ایکس کمک می‌گیرند. این روش بسیار پرهزینه و زمان‌بر است و برای همه ملکولها هم کاربرد ندارد. دانشمندان علاقه‌مندند تا تنها با دانستن توالی اسیدهای آمینه، به ساختار دقیق سه بعدی ملکولهای پروتیین پی ببرند. پیچیدگی این مساله وقتی روشنتر می‌شود که بدانیم که تعداد شکل‌های ممکن برای یک پروتیین متوسط، از تعداد ذرات عالم بیشتر است.

برای حل این مساله، برنامه های کامپیوتری تلاش می‌کنند تا انرژی ملکول را کمینه کنند. زیست‌شناس ملکولی دانشگاه واشینگتن در سیاتل، دیوید بیکر، یکی از توانمندترین این نرم افزارها به اسم رْزِتا اَت هْم (Rosetta@Home) را درست کرد. این برنامه از توان پردازشی گسترده کامپیوترهای شخصی استفاده می کند و همان زیرساختهای برنامه معروف سٍتی اَت هْم (SETI@Home) را دارد. کاربران داوطلب این برنامه را بر روی کامپیوترهای شخصی خود دانلود می‌کنند و برنامه از توان پردازشی بلااستفاده هر کامپیوتر برای حل مساله کمک میگیرد. کاربران زیادی با بیکر تماس گرفتند و ابراز کردند که بارها شاهد بوده‌اند که برنامه کامپیوتری وقت زیادی را برای امتحان کردن شکلهای غلط ملکولی صرف می‌کند در حالی که آنها می‌دانستند که جواب صحیح چگونه باید باشد.

بیکر و آقای زوران پوپوویچ از دانشکده کامپیوتر دانشگاه سیاتل بعد از مدتی کار مداوم، برنامه‌ای به نام فولدیت تولید کردند که به کاربر اجازه می‌دهد تا خود با مساله شکل پروتیین دست و پنجه نرم کند. نتایج این پروژه، کاملا ورای تصورات بیکر و برخی از منتقدان او بوده است.